K.H Ahmad Dahlan telah meletakkan landasan dasar pendidikan yang harus dikembangkan, yaitu pendidikan akhlak (karakter), individual, dan sosial. Yang dimaksud pendidikan akhlak adalah menanamkan sejak dini nilai-nilai keagamaan yang terpuji kedalam peserta didik Muhammadiyah yang terrefleksikan dalam perilaku, sikap dan pemikiran dalam kehidupan sehari-hari. Pendidikan individual adalah pendidikan akal, yakni memberikan motivasi untuk berkembangnya potensi daya berpikir anak didik secara maksimal. Adapun pendidikan sosial adalah menanamkan kepekaan dan kepeduliaan sosial kepada peserta didik terhadap persoalan-persoalan sosial yang menimpa sesama manusia tanpa membedakan suku, ras dan agama. Jika hal ini dihubungkan dengan kecerdasan yang harus dikembangkan dalam diri peserta didik, maka tiga kecerdasan itulah yang harus diperhatikan, yaitu SQ (Spiritual Quotient), IQ (Intellectual Quotient), dan EQ (Emotional Quotient). Ketiganya bukan wilayah yang terpisah, melainkan satu kesatuan yang integral. Oleh karena itu untuk mencapai hasil pendidikan secara optimal model pondok pesantren adalah suatu keniscayaan.

Ketiga dasar pendidikan yang diidealkan di atas oleh Ahmad Dahlan telah diimplementasikan dalam bentuk lembaga pendidikan Qismul Arqa, yang kemudian dikembangkan menjadi Madrasah Mu’allimin Muhammadiyah dengan model asrama (pondok). Lembaga ini tidak lazim pada waktu itu, karena hanya dikenal 2 (dua) model sistem pendidikan, yakni sistem kolonial (Barat) dan sistem pesantren (Islam). Sistem kolonial menyajikan materi-materi umum (Ilmu Administrasi, berhitung, Sosiologi, Politik dan Antropologi), sementara sistem pesantren menyajikan materi-materi agama Islam (Tafsir, Hadits, Bahasa Arab, Fiqih, dan Tasawuf), sehingga masih ada dikhotomi ilmu. Output dari proses pendidikan yang dikhotomik akan melahirkan peserta didik yang dikhotomik juga. Selain itu pandangan hidupnya juga bersifat dikhotomik, ada pemisahan antara dunia dan akhirat. Urusan dunia tidak ada hubungan dengan akhirat, yang pada akhirnya sampai pada kesimpulan, bahwa untuk sukses di dunia tinggalkanlah akhirat atau masalah-masalah agama. Agama adalah urusan individual manusia kepada Tuhan, agama tidak ikut dalam urusan kehidupan sesama manusia, maka agama tidak boleh masuk kedalam urusan ekonomi, politik, sosial, budaya, pendidikan dan lain sebagainya.

Berdasarkan pengalaman sejak tahun 1983 dirasakan bahwa pembelajaran agama yang diterapkan atau dilakukan hanya menyentuh pada aspek kognitif saja, belum menyentuh aspek afektif maupun psikomotorik. Sementara Bloom pernah mengatakan bahwa manusia memiliki 3 (tiga) potensi, yaitu kognisi, afeksi dan psikomotor. Disamping itu, ulama salaf dari ahli sunnah juga mengatakan bahwa iman itu memiliki 3 (tiga) aspek yang menjadi satu kesatuan, yaitu qaul bil lisan (kognitif), tashdiq bil qalb (afektif) dan ‘amal bil jawarih (psikomotor). Oleh karena itu perlu adanya pembaharuan atau perubahan pendekatan dalam pembelajaran. Pendidikan model pondok atau asrama dalam bentuk Baitul Arqam tampaknya sebagai model alternatif yang dapat dipilih untuk mengurangi kesenjangan antara idealita dan realitas di atas.

Proses pendidikan model pondok yang kita beri nama “Baitul Arqam” yang diselenggarakan  oleh Universitas Muhammadiyah Surakarta ini akan mengelola social input, maka sistem pengasuhan (family experiences) menjadi kunci keberhasilan yang insya Allah akan membawa perubahan. Perubahan yang dikehendaki dalam model Baitul Arqam  ini adalah perubahan dalam aspek pengetahuan keagamaan, sikap dan perilaku (akhlak).  Perubahan pengetahuan keagamaan dalam bentuk; (1) wawasan yang integratif dan totalitas tentang ajaran Islam bersumberkan al-Quran dan al-Hadits; dan (2) hilangnya dikhotomi ilmu. Adapun perubahan sikap dalam bentuk; (1) tawadhu’; (2) ta’dzim kepada guru; (3) birrul walidain; dan (4) hormat kepada yang lebih senior. Sedangkan perubahan perilaku dalam bentuk; (1) tegaknya aqidah Islamiyah; (2) kedisiplinan dalam ibadah khusus dan umum; (3) menghormati dan menghargai orang lain; (4) kepekaan dan kepedulian sosial; (5) patuh dan tunduk terhadap syariat Islam dan hukum-hukum yang berlaku di Indonesia; dan (6) memiliki kepribadian bangsa.

Untuk menuju pada perubahan-perubahan tersebut harus diciptakan masyarakat beragama. Maksud masyarakat beragama (komunitas religius) adalah anggota-anggota masyarakat berpenampilan Islami, komunikasi yang santun, melaksanakan sholat secara berjamaah, dan bertadarus serta mendalami al-Qur’an. Hal ini akan terbentuk secara kondusif kalau dalam lingkungan asrama atau pondok pesantren dalam bentuk Baitul Arqam. Di tempat ini pula sangat tepat  untuk membudayakan membaca (budaya iqra’) secara qauliyah maupun kauniyah dalam rangka upaya untuk mengintegrasikan ilmu menuju tauhidullah, dan dalam rangka menjadi insan  taqwa.